Anja Müller arbeitete unter anderem mit der japanischen Company dump type und mit Alejandro Ahmeds Gruppe cena11 in Brasilien und Deutschland. 2006 erhielt sie beim Impulstanz Festival in Wien ein Stipendium für DanceWEB. Im gleichen Jahr war sie Mitbegründerin der Künstlergruppe kOMMANDO kOSMOS. Anja Müller war auf verschiedenen Festivals in- und außerhalb Deutschlands als Tänzerin und Choreographin zu sehen.
Für die Berliner Philharmoniker war Anja Müller als Choreographie-Assistentin an den Projekten Daphnis et Chloé, Feuervogel und Carmina Burana beteiligt. Zusammen mit Volker Eisenach schuf sie für den Tag der Musik 2004 Choreographien zu Martinů und Reich, die im Kammermusiksaal aufgeführt wurden.
Anja Müller hat seit der Gründung der FTL in einer Fülle von Projekten mitgearbeitet. Sie tanzte eine Reihe anspruchsvoller Rollen und hat seit 1999 als Choreographin und Choreographie-Assistentin für die Gruppe gearbeitet.